Za prehode med študijskimi programi se upoštevajo Merila za prehode med študijskimi programi, ki jih je sprejel Svet NAKVIS-a, in Statut AMEU - ECM. Naloge priznavanja in vrednotenja izobraževanja opravlja Komisija za študijske zadeve AMEU – ECM v skladu z veljavnim Zakonom o visokem šolstvu, Merili za prehode med študijskimi programi in notranjimi akti zavoda.

Prehod v predloženi študijski program je možen iz drugih študijskih programov tretje stopnje ter iz študijskih programov za pridobitev magisterija znanosti.

Prehodi so možni med študijskimi programi s sorodnih področij: - ki ob zaključku študija zagotavljajo pridobitev primerljivih kompetenc - med katerimi se lahko po kriterijih za priznavanje prizna polovica obveznosti po Evropskem prenosnem kreditnem sistemu (ECTS) iz prvega študijskega programa, ki se nanašajo na obvezne predmete drugega študijskega programa.

Kandidat mora izpolnjevati pogoje za vpis v predloženi studijski program, upošteva pa se tudi obseg razpoložljivih študijskih mest, ki jih je potrdil senat in so javno objavljeni.

Pri prehodu se lahko priznavajo:
- primerljive študijske obveznosti, ki jih je študent opravil v prvem študijskem programu;
- neformalno pridobljena primerljiva znanja.

Pri prehodu se študentu priznajo izpiti in druge študijske obveznosti, upoštevajoč vsebino, obseg in zahtevnost znanja, ki se zahtevajo po študijskem programu. Glede na obseg priznanih obveznosti iz prvega študijskega programa v RS ali tujini, se lahko študent vpiše v isti ali višji letnik na predloženem študijskem programu.

Kandidat v skladu z določili razpisa zavoda vloži prijavo in predloži dokazila: predmetnik predhodnega študijskega programa, učne načrte predmetov, ki jih je opravil v predhodnem študijskem programu in dokazilo o doseženem uspehu pri posameznem predmetu. Komisija vsako vlogo obravnava individualno, saj so študijski programu, ki so jih zaključili kandidati, in njihove predhodno opravljene študijske obveznosti različni. Pri odločitvi o prehodu določi Komisija študijske obveznosti in kreditne točke iz prejšnjega programa, ki se lahko priznajo, in vsebino študijskih obveznosti (predmete) in obseg študijskih obveznosti (ECTS), ki jih mora študent opraviti na zavodu. Na odločitev Komisije za študijske zadeve se je mogoče v roku 8 dni pritožiti na Senat AMEU - ECM. V primeru, da je član komisije član senata, se mora na seji senata izločiti. Odločba Senata AMEU - ECM je dokončna. Zoper sklep senata ni pritožbe.