Študent napreduje v 2. letnik, če z opravljenimi obveznostmi 1. letnika zbere najmanj 45 ECTS pri čemer mora imeti opravljen predmet:
- Doktorski seminar – priprava dispozicije doktorske disertacije pri katerem predstavi temo doktorske disertacije.

Študent napreduje v 3. letnik, če z opravljenimi obveznostmi 1. letnika zbere 60 ECTS in iz 2. letnika 45 ECTS, pri čemer mora imeti opravljen predmet:
Raziskovalne metode v  arhivistiki in izdelava dispozicije doktorske disertacije pri katerem predstavi osnutek dispozicije doktorske disertacije.

Študent, ki ni opravil vseh obveznosti, določenih s študijskim programom, lahko v času študija enkrat ponavlja letnik, v kolikor je opravil vsaj polovico obveznosti potrebnih za napredovanje v višji letnik. Status študenta se lahko podaljša v skladu z določili Zakona o visokem šolstvu.

V času študija bo doktorski študent usmerjan glede njegov študijski interes in voden s  strani mentorja, nosilcev predmetov in predstojnika.  Pogoji za zagovor doktorske disertacije so opredeljeni v Pravilnik o izvajanju doktorskega študija na Alma Mater Europaea – 3. bolonjska stopnja .

Pri doktorskem študentu, ki pri študiju dosega nadpovprečne rezultate, se lahko omogoči  hitrejše napredovanje in zaključek študija, če je to glede na študijski proces mogoče. Sklep o tem sprejme Senat Alma Mater na podlagi prošnje kandidata in mnenja Komisije za znanstveno raziskovalno delo Alma Mater.