Senat je najvišji strokovni organ zavoda, ki odloča o strokovnih vprašanjih zavoda AMEU - ECM. Sestavljen je tako, da so enakopravno zastopane vse znanstvene discipline ter strokovna področja zavoda AMEU - ECM. Člani senata iz vrst študentov tvorijo najmanj eno petino članov senata. Po konstituiranju študentskega sveta je le-ta izvolil predstavnika študentov izmed študentov zdravstvene nege, fizioterapije in študijskega programa UVPS.

Senat AMEU - ECM razpravlja in sklepa o strokovnih vprašanjih s področja izobraževalnega in znanstveno-raziskovalnega dela zavoda, o vseh zadevah izvajanja študijskih programov zavoda, o novih programih in spremembah obstoječih programov, imenuje strokovne komisije ter opravlja druge naloge v skladu z pravilnikom o organizacijski strukturi AMEU - ECM.